Od kilku lat Alior Bank aktywnie uczestniczy w programach rządowych wspierających rozwój MŚP. Dzięki gwarancjom de minimis udzielanym przez BGK, od 2013 r. Alior Bank przyznał prawie 35 tys. kredytów o łącznej wartości ponad 12 mld zł. Coraz większy udział w finansowaniu tych programów mają środki unijne, m.in. gwarancje COSME czy Program Operacyjny Inteligentny Rozwój, w ramach którego Alior Bank oferuje kredyty na innowacje technologiczne oraz gwarancje portfelowe dla klientów biznesowych.
Alior Bank wykorzystuje również szeroką paletę programów pomocowych i gwarancyjnych ze środków publicznych i Unii Europejskiej w celu zapewnienia firmom kompleksowego wsparcia w zakresie zbadania dostępności programów unijnych, poznania warunków otrzymania dotacji, jej pozyskania oraz skutecznego i bezpiecznego rozliczenia przed instytucją wdrażającą. W oferowanym przez Alior Bank Pakiecie Europejskim przedsiębiorcy mogą znaleźć m.in. promesy kredytowe, finansowanie pomostowe czy finansowanie wkładu własnego inwestycji realizowanej z udziałem dotacji.

Ponadto Alior Bank jest jedyną w Polsce instytucją, która podpisała umowę z BGK w zakresie finansowania dostępu do szybkiego Internetu, mogąc zaoferować klientom z branży telekomunikacyjnej tzw. pożyczkę szerokopasmową, czyli finansowanie inwestycyjne dla rozwoju sieci światłowodowych. Kredyty w kwocie od 20 tys. do 10 mln złotych udzielane są na okres maksymalnie 15 lat. Do tej pory do banku wpłynęło 29 wniosków na kwotę około 80 mln zł i wkrótce zostaną podpisane pierwsze umowy.